| 1990-1994 | 分子科学研究所 文部技官 |
| 1994-1998 | 名古屋大学 理学部 助手 |
| 1998-2005/9 | 名古屋大学 大学院理学研究科 助教授 |
| 基礎生物学研究所 生命環境科学研究センター 客員助教授(1999/11-2000/3) |
| 岡崎国立共同研究機構 統合バイオサイエンスセンター 客員助教授(2000/4-2001/3) |
| 東京大学大学院 総合文化研究科 客員助教授(2005/4-2006/3) |
| 2005/10- | 分子科学研究所 理論・計算分子科学研究領域 教授 |
| 2005/10-2007/3 計算分子科学研究系 |
| 2007/4- 理論・計算分子科学研究領域 (組織替え） |
| 2006/4- 総合研究大学院大学 物理科学研究科 教授（併任） |
| 東京大学大学院 総合文化研究科 客員教授(2006/4-2010/3) |
| 国立情報学研究所 客員教授(2008/4-2009/3, 2012/8-2014/3) |
| 岡崎共通研究施設 計算科学研究センター センター長(2011/4-2019/3) |
| 分子科学研究所 理論・計算分子科学研究領域 主幹(2012/4-2022/3) |
| 分子科学研究所 協奏分子システム研究センター 教授 併任(2013/4-) |
| Indian Institute of Technology Kanpur 客員教授(2020/4-2025/3) |
